ארגון "מרכז הטהרה" בנה מערך פיקוח הנותן מענה מקצועי ומיידי בזמן אמת, בכל אזורי הארץ. מדי יום יוצאים לשטח תשעה צוותים, המסיירים ומפקחים על המקוואות באזור, על פי מחוונים מדויקים שבנו רבני המרכז. הצוותים התמחו בהלכות מקוואות והמסתעף באופן מעמיק ויסודי על ידי רבני המרכז. כמו כן עברו הכשרה מעמיקה במעבר לפעילות בשטח, במטרה לדייק את הפיקוח ולזהות ליקויים העלולים לגרום מכשולות הלכתיים או טכניים.
באמצעות תוכנה מתקדמת, מדווח הצוות באופן שוטף מהם התנאים בכל מקום. ההכרות של כל צוות עם אזור הפיקוח שלו – מעמיקה וקפדנית. זו מאפשרת מידע מיידי על ליקויים או חסרים. הצוות "חי" את השטח שלו, זמין לכל פניה, וקשור להנהלת המרכז בקשר שוטף. כל ביקור של צוות פיקוח במקווה – מדווח מיידית למרכז, תוך ציון הפרטים הנותנים תמונה כוללת ופרטנית על מצב המקווה.
במקרה של ליקוי או שאלה, מגיעים רבני המרכז, ומשאירים דו"ח מדויק לצוות הטכני, מה צריך לתקן וכיצד. הצוות הטכני פועל מיידית לתיקון התקלה, ומתעד את התיקון. בהנהלת המרכז עוקבים בקביעות אחר הטיפול בפניות, ומעדכנים את הגורמים הרלוונטיים שהדברים טופלו כנדרש – רבני האזור, אוכלוסיית האזור, הרשות המקומית, ועוד.
